Quá trình phát triển của FreeBSD được khởi đầu vào tháng 11 năm 1993 bởi Jordan Hubbard, và được phát triển từ mã nguồn của 386BSD. Tuy nhiên, vì một lý do liên quan tới tính pháp lý của các mã nguồn sử dụng trong 386BSD, FreeBSD đã phải xây dựng lại rất nhiều phần trong hệ thống với phiên bản FreeBSD 2.0 phát hành vào tháng 1 năm 1995 sử dụng bản phát hành 4.4BSD-Lite của trường Đại học California tại Berkeley.

Trong phiên bản mới 8.0, FreeBSD chính thức hỗ trợ ZFS (hệ thống file) và giao diện GSSAPI của NFS phiên bản 3.